Con dieciséis años, en 1861, inició sus estudios de derecho en la Universidad de Coímbra, donde trabó amistad con Antero de Quental y Teófilo Braga. Se licenció en 1866.[1] Durante el último curso, se estrenó como escritor publicando una serie de diez artículos, con el título general de "Notas marginales", en el diario Gazeta de Portugal.[2] Dichos artículos, que serían más tarde recogidos en su libro Prosas bárbaras, chocaron al público portugués por la novedad de su estilo.
Su último libro fue La ilustre casa de Ramires, sobre un hidalgo del siglo XIX con problemas para reconciliarse con la grandeza de su linaje. Es una novela imaginativa, entremezclada con capítulos de una aventura de venganza bárbara ambientada en el siglo XII, escrita por Gonçalo Mendes Ramires, el protagonista. Se trata de una novela titulada La torre de D. Ramires, en la que antepasados de Gonçalo son retratados como torres de honra sanguínea, que contrastan con la laxitud moral del joven.
José Maria Eça de Queirós murió en 1900 en París.